环境问题不是哪一个国家的问题，其实全球任何一个国家，无论贫富，都存在不同的环境问题，只是表现的程度不一样而已。就连南极也一样存在环境问题。有些问题很容易被发现、被告认识，而有些问题到现在还存在争议。
洁净水源是世界性的挑战，全球有24亿人的饮水没有卫生保障，每年有300-1000万人因不安全的水而导致疾病和死亡。淡水是最易被摧毁的资源，由于各种原因，在过去的40年时间里，南非的淡水减少了50%，湿地也至少减少了50%，生态环境的改变引起了人们的普遍关注。
1、外来物种，200年前开始大量引入外来物种，目前南非本土种约15000种，而外来物种也基本上达到了15000种，已经对当地的生态造成了较大的影响。特别是桉树的大量种植，完全改变了当地地下水的循环，使一些湿地面积严重缩小，甚至消失。一些水生、湿生动植物的引入，也改变了水生态系统，如麋羚湖的生态，就认为与中国鲤鱼等三种外来物种有关，现在正在全力削除。如圣卢西亚河也因为外来物种导致水位下降了很多，整个湿地保护区曾有数百万株松树，周边还广泛种植着桉树，这些高大笔直郁郁葱葱的速生树原本是南非几家大型的纸业公司大规模种植作为造纸的原材料，却破坏了圣卢西亚的湿地资源，因为与当地的原生植物不同，这些速生树种都属于“外来户”，但它们耗水耗肥能力极强，原本要注入湖泊湿地的水遭到“截流”，当地南非管理部门已经开始大量砍树保护湿地。
2、污染，虽然目前南非的法律对湿地污染防治有很严格的规定，但有些污染还是在所难免的，特别是一些通过城市的河流，受到城市生活污水的严重影响。如麋羚湖的污染。麋羚湖位于南非第一大城市——约翰内斯堡的下游约40公里处，本来是为了水电和灌溉而修建的人工湖，但随着周边居民点的增加，饮用水的需求量增大，而成为饮用水源。麋羚湖的周边有7条小河流将水汇集到湖里，而约斯凯河将约翰内斯堡的城市污水引向麋羚湖。虽然在约斯凯河中间有三处污水处理装制，也难免对湖水处成污染。在约翰内斯堡城市边缘的一个污水处理点，每年就从水中捞出至少90吨固体垃圾，这些垃圾包括各种塑料袋、废旧电器、动物尸体，甚至死婴尸体。由于湖水受富营养化影响，2006年曾暴发大量绿藻，湖水浑浊如粥状，臭气难闻。另一个污染源就是畜牧业，动物粪便通过雨水进入河道和水库。
3、开垦，开垦湿地用于工业原料林种植或农业种植也是南非湿地减少的重要原因，特别是中部的沼泽地，曾被大量开发。即使是现在投入大量资金保护湿地的Mondi公司，在早期也是在很多地方改变原生植被营造以生产纸浆为目的的人工林，其中也包括对湿地的开垦。在南开普省有很多的湿地被开垦成为玉米地或草地。与开垦种植不同的还有开采矿产，包括煤、黄金、铁等，不仅污染和占用湿地，还因为地下的开采导致漏水，有些地方因为开采矿产直接导致湿地消失。一些地方因筑路取土也造成湿地破坏。
4、植被退化，南非的原生植被由于多种原因正在退化，采伐是其中一个原因，外来物种的引入也是一个重要原因。植被退化也是导致湿地消失或减少的重要原因。就在我们考察期间，很多地方可以看到当地人用火烧地，导致林下植被和地被物都被烧毁。
5、环境变化，由于降水量的减少和不均匀，也是湿地减少的原因。另外，气候变化也导致湿地生态系统改变，生态功能减弱，水是维系湿地生态系统的基础，有些沿海的河口湿地，受到海潮上涨的影响，以前河的水可以顺着“河口湾”（Estuary）流入大海，海里的水也会在涨潮时灌入河里，有些大鱼要从大海游到“河口湾”里产卵，形成特殊的湿地生态系统，如圣卢西亚河口。然而近年来由于河里的淤泥被海水带走渐渐堵住了河口，而“河口湾”的地势又低于大海，因此海水再也进不来了，大鱼也没有了，目前这个“河口湾”里只有一些中小个头的鱼。因为水流力量不足，这几年圣卢西亚湖的入海口常处于封闭状态。为了改变这种状况，目前除了政府资金投入外，一些企业也赞助了不少资金用于维护生态系统，还有22位科学家参与这个保护项目。
